NPO법이 지원하는 특정비영리활동법인(이하 NPO법인)은 우리가 흔히 말하는 비영리단체입니다. NPO법은 특정비영리활동(보건/의료,복지, 사회교육, 마을만들기, 문화/예술, 스포츠, 환경, 재해구호, 지역안전, 인권옹호/평화, 국제협력, 여성, 아동 등)을 하는 비영리활동단체에 법인격을 부여하여 시민의 자유로운 사회공헌활동을 지원합니다. 그런데 그 중에서도 인정특정비영리활동법인(이하 인정NPO법인)이 있습니다. NPO법인 중 공익 증진에 기여하는 정도가 큰 법인으로, 2001년 세법 개정에 따라 인정NPO법인에 대한 별도 규정이 생겼습니다.

이에 따라 NPO법인 중에서도 인정NPO법인에 대해 기부에 대한 세액공제 혜택이 생겼습니다. NPO법인에 대한 별도 세액공제 혜택은 없는 반면, 인정NPO법인에 대해서는 개인이 기부한 금액의 40%가 소득세에서, 그리고 10%가 주민세에서, 즉 최대 기부금액의 50%가 공제됩니다. 또한 법인 기부에 있어서도 NPO법인은 일반기부금처럼 취급되지만, 인정NPO법인은 기부금에 대한 손금산입이 가능합니다. 상속재산 기부도 NPO법인과는 달리 인정NPO법인은 상속세 과세 대상에서 제외됩니다. 

인정NPO법인으로 인정받기 위해서는 PST(Public support test) 판정 기준을 충족해야 하는데, 이 기준은 쉽게 말하면 조직의 경상수입에서 기부금이 차지하는 비율입니다. 처음에는 그 비율이 1/10 이상이었지만, 2008년 개정으로 1/3으로 변경되었습니다. 기부금의 비율을 높이는 이러한 조치는 공익성을 더 강화하기 위한 것으로 이해될 수 있습니다. (김문길, p96). 이렇게 인정NPO법인은 더 큰 세제혜택을 받는 반면, 인정을 위한 요건이 좀 더 까다롭습니다. 

2015년 5월 말 기준으로 일본에 등록된 NPO법인은 50,169개, 인증NPO법인은 847개입니다. 2007년도 재정수지 현황을 보면 NPO법인은 전체 수입에서 사업수입이 72.8%로 가장 많이 차지하고, 인정NPO법인은 기부금이 61.3%로 가장 많이 차지합니다. 인증NPO법인의 높은 기부금 비율은 PST기준과 세제혜택 제도와 관련이 있습니다. 반면 NPO법인은 국가 등으로부터 위탁받아 수행하는 사업이 많기 때문에 사업수입의 비율이 높습니다. 지출 면에서도 차이가 드러납니다. NPO법인은 68.8%가 사업비로 지출되고 관리비가 24% 수준인 반면, 인정NPO법인은 사업비가 90.8%로 지출의 대부분을 차지합니다. 이 역시 NPO법인은 국가 등으로부터의 위탁사업을 수행하면서 관련비용이 많이 소요되기 때문으로 이해될 수 있습니다.

재정수지 현황에서 드러나듯, NPO법인은 국가 등으로부터의 위탁사업이 많기 때문에 정부나 지방자치단체에 대한 의존도가 높아질 수밖에 없다는 우려가 있습니다. 반면 인정NPO법인은 기부금의 비중을 늘림으로써 이러한 의존성으로 인한 문제를 잘 회피하고 있습니다(김문길). 인정NPO법인의 기부금이 높은 것은 제도의 역할이 컸습니다. 법인의 공익성, 투명성을 위해 까다로운 기준을 요구하는 반면, 세제특혜를 부여함으로써 단체 지원과 기부 확대라는 두 마리 토끼를 잡은 것입니다. 

우리나라는 비영리민간단체에 대한 기부금 면세혜택이 높지 않고(2014년부터 지출액의 15% 세액 공제, 개인 소득금액의 30%까지만 기부금 인정), 사회적기업과 사회적 협동조합에 대한 기부 세제혜택은 별도로 없습니다. 그러나 사회적기업 육성기급, 협동조합 지원을 위한 기금 등이 나타나는 상황에서 세제혜택과 같은 제도가 기부의 동기 부여를 높이고, 사회적기업, 협동조합과 시민들 간 관계 활성화에 도움이 될 것이라는 목소리도 높아지고 있습니다(네모토 마스쯔구, 박영화, 409). 따라서 향후 한국의 공익활동 활성화를 위한 법제도 정비 과정에서 세제상 지원과 관련해 일본의 NPO법을 참고할 만합니다.